Se documenter

Comprendre commence par faire un inventaire et rassembler les objets qu'on identifie selon les propriétés qu'on leur reconnaît comme communes. On a classé les étoiles et les espèces vivantes. Puis la révolution copernicienne a déplacé la Terre du centre de l'Univers. Dans les sciences de la vie, il a fallu plus d'un siècle pour comprendre qu'il n'y a pas de différence entre matière "inerte" et matière organique et que le niveau d'analyse où l'on reconnaît des atomes et des molécules est pertinent pour analyser la vie, dont l'unité élémentaire (l'atome) est la cellule. En parallèle avec cette vision chimique, on rendait compte du phénomène vivant par une description tout autre, celle des lois de l'hérédité, la génétique. Comment faire le lien entre le monde de la chimie et celui de la génétique ? Les travaux de savants du monde entier ont montré qu'il faut séparer la cellule en deux parties distinctes, une machine, le corps cellulaire, et un programme. Exactement comme dans un ordinateur. Le programme génétique a un support physique (pour l'ordinateur une bande magnétique, un disque dur, un CD�?), l'ADN, acronyme qui résume son nom chimique d'acide désoxyribonucléique. Cette molécule faite de l'enchaînement linéaire de quatre motifs chimiques de base, au nom barbare de (désoxyribo)nucléotides, notés par la première lettre de leur nom chimique, A, C, G et T, se lit alors comme on lit un texte alphabétique.

La machine exprime le programme sous la forme d'actions précises : comment extraire le nécessaire de l'environnement, comment construire, maintenir et réparer la machinerie interne, comment nettoyer et rejeter l'inutile ou les déchets. Il lui faut ensuite construire une autre cellule, qui lui ressemblera �? chez les bactéries �? ou pourra être bien différente �? chez les plantes et les animaux, où de nombreux types cellulaires se combinent pour former l'organisme. Dans tous les cas le programme génétique, le "génome" sous sa forme matérielle, exprime telle ou telle des recettes qu'il porte en mémoire, suivant l'état de l'environnement.

Cette représentation de la cellule-ordinateur a été longue à établir et elle n'est pas acceptée par tous car les ordinateurs ne savent pas (encore) faire des ordinateurs. John von Neumann, l'un de leurs inventeurs, a ainsi montré que si l'on imaginait un ordinateur autoreproducteur il faudrait trouver dans son programme une image de la machine. On doit donc s'intéresser à l'ordre des gènes dans les génomes. Les avancées de la biochimie, parallèles au développement des ordinateurs, ont permis de déchiffrer l'ADN d'un nombre considérable de bactéries. Nous avons désormais la séquence de plusieurs centaines de génomes bactériens dont les gènes sont identifiés. Chaque gène spécifie des fonctions de la cellule qu'il faut comprendre. Pour cela on procède comme l'a fait Champollion pour  déchiffrer les hiéroglyphes avec la Pierre de Rosette . On compare les génomes entre eux en extrapolant ce qu'on sait dans un cas vers les autres, progressant ainsi dans la connaissance individuelle des gènes. On obtient ainsi une image inattendue de l'organisation des génomes bactériens.